Hội đồng quản trị của Tổng công ty Cà phê Việt Nam gồm 5 thành viên có nhiệm kỳ 5 năm, do Chính phủ bổ nhiệm là các thành viên chuyên trách trong đó có một Chủ tịch hội đồng quản trị, một phó chủ tịch, một thành viên kiêm trưởng ban kiểm soát, một thành viên kiêm tổng giám đốc, một thành viên quản lý trong lĩnh vực tài chính, kinh tế, quản trị kinh doanh và pháp luật. Hội đồng quản trị chịu trách nhiệm về quá trình phát triển của công ty.[5]

Ban kiểm soát: Ban kiểm soát của công ty gồm có 3 thành viên do Hội đồng quản trị của công ty thành lập để giúp hội đồng quản trị kiểm tra, giám sát hoạt động điều hành của tổng giám đốc, bộ máy giúp việc và các đơn vị thành viên trong hoạt động tài chính, chấp hành điều lệ của tổng công ty, quyết định của hội đồng quản trị chấp hành pháp luật của nhà nước. Trong đó, có một thành viên là trưởng ban kiểm soát đồng thời là một thành viên của Hội đồng quản trị, 2 thành viên khác do hội đồng quản trị miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật. Ban kiểm soát thực hiện nhiệm vụ do Hội đồng quản trị giao, chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Hội đồng quản trị về chi phí hoạt động, kiểm soát, kể cả tiền lương và các điều kiện vật chất cho hoạt động của ban kiểm soát do Tổng Công ty bảo đảm.

Tổng giám đốc và các phó tổng giám đốc: Tổng giám đốc của Tổng Công ty do chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng và kỷ luật theo đề nghị của hội đồng quản trị với nhiệm kỳ là 5 năm. Tổng giám đốc là đại diện đương nhiên và hợp pháp của Tổng Công ty trong các quan hệ kinh doanh và trước Chính phủ. Giúp việc cho Tổng giám đốc có các phó tổng giám đốc, trong đó có một phó tổng giám đốc phụ trách hoạt động sản xuất khu vực Bắc Tây Nguyên, một phó giám đốc phụ trách khu vực Đắc Lắc, một phó giám đốc phụ trách Tổ chức cán bộ.

Ban tham mưu: Ban tham mưu được sắp xếp theo kiểu phân công chức năng, bao gồm có:

• Văn phòng tổng công ty
• Ban tổ chức cán bộ thanh tra
• Ban tài chính kế toán
• Ban xuất nhập khẩu
• Ban kế hoạch đầu tư
• Các công ty trực thuộc: Hiện nay, tổng công ty có 58 đơn vị thành viên. Các đơn vị đều có con dấu riêng, được mở tài khoản tại các kho bạc nhà nước và các ngân hàng. Các thành viên gia nhập tổng công ty có trách nhiệm thực hiện điều lệ của tổng công ty.

Công ty mẹ

Các đơn vị phòng ban:[5]

• Văn phòng
• Ban Kiểm toán nội bộ
• Ban Tổ chức cán bộ
• Ban Pháp chế - Thanh tra
• Ban Tài chính - Kế toán
• Ban Kế hoạch - Đầu tư
• Ban Nông nghiệp
• Ban Kinh doanh Xuất nhập khẩu

Công ty thành viên

Các chi nhánh và Trung tâm của Công ty mẹ [6]

Tổng công ty nắm giữ 100% vốn điều lệ: 29 đơn vị

Tổng công ty nắm quyền chi phối: 8 đơn vị

Các công ty liên kết: 8 đơn vị